日本臨床医学情報系連合学会の構成は、加盟団体(構成団体)から評議員を選出し評議員会の決定により運営されます。
組織として下記の機関があります。
名誉顧問 （代表者会議の諮問機関）
評議員会 ・・・・ 最高議決機関
理事会 ・・・ 重要案件の議決機関
常任理事会 ・・・ 執行議決機関
代表者会議（会頭、会長、理事長、代表理事、専務理事で構成） ・・・ 執行議決機関
代表理事 ・・・ 執行機関、一次的に会頭である代表理事が執行する （執行機関）
事務局
部会 委員会 研究部門
（会員） 加盟団体の所属員は当然に当連合学会の会員（加盟学会会員）になります。加盟団体に所属していない場合は、個人の場合は特別会員として入会審査の上入会できます。個人会員の会費は入会金１万円、年会費１万円です。
会員は誰でもがジャーナルに投稿できます。但し、レフェリーが付きますので掲載不可の場合もあります。